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Mirus Label IT?——高效、一步法用于體內(nèi)和體外核酸標(biāo)記的新技術(shù)

細(xì)胞轉(zhuǎn)染科學(xué)研究中扮演著十分重要的角色,但最容易被忽略的一環(huán)。轉(zhuǎn)染效率的高低不僅影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果,甚至可能導(dǎo)致得到的實(shí)驗(yàn)結(jié)果是無(wú)效的。在多種類型核酸的細(xì)胞轉(zhuǎn)染實(shí)驗(yàn)中,研究者們需要進(jìn)一步優(yōu)化轉(zhuǎn)染條件以達(dá)到最優(yōu)的轉(zhuǎn)染效率特別是較難轉(zhuǎn)染的細(xì)胞,而針對(duì)特定細(xì)胞類型選擇對(duì)應(yīng)專業(yè)化的轉(zhuǎn)染試劑只是邁向轉(zhuǎn)染實(shí)驗(yàn)成功的第一步。

成立于1995年的Mirus Bio,專注及深耕核酸遞轉(zhuǎn)領(lǐng)域多年,從最早具有低毒性的TransIT ? -LT1GMP級(jí)別、可用于AAVLV生產(chǎn)的TransIT-VirusGEN? (產(chǎn)品年鑒請(qǐng)見圖1)。直至文稿發(fā)布時(shí),使用Mirus產(chǎn)品發(fā)表文章已超過(guò)1萬(wàn)篇,并且發(fā)表文章及Mirus數(shù)據(jù)庫(kù)涵蓋了超過(guò)1200細(xì)胞類型。

A diagram of a medical equipment Description automatically generated with medium confidence

1 Mirus產(chǎn)品年鑒

在細(xì)胞轉(zhuǎn)染實(shí)驗(yàn)中,研究者們常常會(huì)忽略轉(zhuǎn)染效率/成功率的評(píng)估,那么是否有對(duì)應(yīng)技術(shù)或者方法允許實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)DNA/RNA的成功遞送以及細(xì)胞內(nèi)的分布狀態(tài)呢?Mirus Bio Label IT? 核酸標(biāo)記試劑盒為廣大的科研工作者提供了一個(gè)方向。Label IT? 核酸標(biāo)記試劑盒可對(duì)任何類型核酸,進(jìn)行高效、直接的標(biāo)記,并且為on-step的實(shí)驗(yàn)操作。基于非反應(yīng)的標(biāo)記方法,在不損傷核酸完整性、影響基因表達(dá)的前提下,選擇的標(biāo)記 (熒光、生物素、地高辛等)共價(jià)方式連接到核酸上。

Label IT? 試劑盒有多種標(biāo)簽可供選擇,包括 Cy?3、Cy?5、CX-羅丹明、TM-羅丹明、熒光素、MFP488、地高辛、生物素和二硝基苯基(DNP)。Label IT? 核酸修飾試劑盒(胺)也可用于基于功能基團(tuán)進(jìn)行DNARNA修飾。產(chǎn)品特點(diǎn)如下:

  • 可用于標(biāo)記任何DNARNA模板——適用于多種應(yīng)用 (In vitro & in vivo),如Crispr基因編輯、核酸遞轉(zhuǎn)、RNA干擾/表達(dá)實(shí)驗(yàn)、FISH、Microarray
  • 一步法標(biāo)記——簡(jiǎn)單、輕松即可完成穩(wěn)定的模版標(biāo)記反應(yīng)
  • 可根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求或應(yīng)用,調(diào)節(jié)標(biāo)記的密度——以獲得最佳檢測(cè)標(biāo)記 DNA RNA 的靈敏度;
  • 基于共價(jià)化學(xué)反應(yīng)——對(duì)核酸殘基的修飾為永久性、無(wú)損傷,是多種科研應(yīng)用的理想選擇。

  • 什么是核酸標(biāo)記?如何標(biāo)記核酸?如何檢測(cè)?

絕大多數(shù)基于分子和生物學(xué)的In vitro in vivo研究都依賴于核酸的標(biāo)記或標(biāo)簽,理想情況下,此類標(biāo)記或標(biāo)簽不會(huì)影響核酸功能以及研究結(jié)果。因此,也發(fā)展出來(lái)多種核酸標(biāo)記方式,大致可以歸為以下兩類:

-????? 化學(xué)標(biāo)記法基于結(jié)合核酸的反應(yīng)基團(tuán),比如Mirus Label IT? 核酸標(biāo)記試劑盒屬于此類,并且整個(gè)反應(yīng)過(guò)程并不需要酶的參與。

Label IT? 化學(xué)標(biāo)記試劑由三個(gè)部分組成(如圖2

(1)????? 標(biāo)簽/標(biāo)記 (綠色區(qū)域);

(2)????? Linker,與核酸進(jìn)行靜電相互作用 (黃色區(qū)域)

(3)????? Label IT? 試劑以共價(jià)形式連接到核酸中活性雜原子的烷基基團(tuán)(藍(lán)色區(qū)域)。

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A diagram of a chemical reaction Description automatically generated

2. Label IT?標(biāo)記分子示意圖

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-????? 基于酶反應(yīng)標(biāo)記法:通過(guò)酶促反應(yīng),在該反應(yīng)過(guò)程中加入標(biāo)記修飾的核酸。

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當(dāng)待研究的核酸加入標(biāo)記后,可通過(guò)以下兩種方式進(jìn)行檢測(cè):

-????? 直接檢測(cè)這時(shí),標(biāo)記的核酸中包含了可用于光學(xué)、發(fā)光或產(chǎn)生熒光信號(hào)的報(bào)告分子。

-????? 間接檢測(cè):標(biāo)記的核酸帶有標(biāo)簽或標(biāo)記,該標(biāo)記需要特異性的結(jié)合報(bào)告偶聯(lián)分子,如生物素結(jié)合帶有熒光標(biāo)記的鏈霉親和素,地高辛結(jié)合帶有熒光標(biāo)記的特異性抗體等。

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  • Label IT? 核酸標(biāo)記試劑盒——不改變核酸結(jié)構(gòu)功能

基因沉默相關(guān)功能研究在分子和細(xì)胞生物學(xué)中發(fā)揮著重要作用,化學(xué)轉(zhuǎn)染也在該研究領(lǐng)域扮演者重要角色。小干擾 RNA (Small interfering RNAs, siRNA),作為研究各種類型細(xì)胞中蛋白功能核酸類型,通過(guò)有效的knockdown從而影響基因表達(dá)。那么,加入Label IT?標(biāo)記的核酸,是否會(huì)改變核酸結(jié)構(gòu),從而影響到后續(xù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果呢?

評(píng)估測(cè)試使用Label IT? siRNA Tracker? 試劑盒,將相同siRNA加入不同標(biāo)記 (CyTM3, CyTM5, 熒光素, CX-羅丹明 )以及沒(méi)有標(biāo)記siRNA,轉(zhuǎn)染后,可通過(guò)熒光顯微鏡觀察到帶有標(biāo)記的siRNA?;虮磉_(dá)結(jié)果顯示,帶有不同標(biāo)記的siRNA,其目的基因表達(dá)水平近似,意味著加入Label IT?標(biāo)記的核酸,并不影響目的基因表達(dá)及功能 (3)。

HeLa cells in 12-well plates were transfected at 70% confluence with TransIT-TKO? Transfection Reagent (3 μl/well) and Label IT? siRNA Tracker? Fluorescein-labeled siRNA duplexes (GREEN, 50 nM final concentration in the well)

3? Label?IT? siRNA Tracker? 試劑盒評(píng)估測(cè)試

  • Label IT? 核酸標(biāo)記試劑盒——前沿應(yīng)用舉例

應(yīng)用一:使用Label IT?技術(shù),富集CRISPR'd細(xì)胞

Nasri Mir 等人在文章中闡述了如何通過(guò) Label IT? 技術(shù),富集 CRISPR/Cas編輯成功的細(xì)胞。基因組編輯實(shí)驗(yàn)面臨最大的挑戰(zhàn)之一是如何從未編輯的細(xì)胞中成功的篩選/富集出成功編輯的細(xì)胞,特別當(dāng)未被編輯的細(xì)胞相對(duì)于成功編輯細(xì)胞,具有生長(zhǎng)/增殖優(yōu)勢(shì),使得細(xì)胞篩選變得更加困難。

為了高效的區(qū)分經(jīng)過(guò)基因編輯及未編輯的細(xì)胞,作者在CRISPR引導(dǎo)RNA ( gRNA) Cas9 形成復(fù)合物轉(zhuǎn)染細(xì)胞前,使用Label IT?對(duì)gRNA進(jìn)行了熒光標(biāo)記,實(shí)驗(yàn)流程示意圖如下:

A close-up of a drawing Description automatically generated

研究結(jié)果表明,使用Label IT?標(biāo)記的gRNA 不會(huì)影響基因編輯效率,并且可通過(guò)熒光分選/富集成功編輯的細(xì)胞群。進(jìn)一步地,研究者們將該 CRISPR 實(shí)驗(yàn)流程應(yīng)用于針對(duì)多種細(xì)胞類型的GADD45B基因編輯實(shí)驗(yàn)。根據(jù)細(xì)胞類型的不同,經(jīng)過(guò)Label IT?標(biāo)記的細(xì)胞亞群中,其成功編輯細(xì)胞占比相對(duì)于總細(xì)胞群體提了15-40%。

發(fā)表文章信息:

標(biāo)題:?Fluorescent labeling of CRISPR/Cas9 RNP for gene knockout in HSPCs and iPSCs reveals an essential role for GADD45b in stress response
作者:?Masoud Nasri, Perihan Mir et al.
雜志:?Blood Adv, Volume 3(1), Jan 2019.
DOI:?10.1182/bloodadvances.2017015511

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應(yīng)用二:使用Label IT?技術(shù),聚焦于免疫系統(tǒng)研究

Label IT? 核酸標(biāo)記技術(shù)可用于一種新型疫苗注射方法-微針陣列(microneedle array, MNA)的表征研究。傳統(tǒng)的疫苗注射方法是通過(guò) 3 厘米以上長(zhǎng)度的針頭進(jìn)行皮下注射,而微針陣列是由微米級(jí)針頭所組成(示意圖如下),以無(wú)痛的方式細(xì)微的的穿透皮膚,進(jìn)入富含免疫細(xì)胞群,減少患者的不適感。

A diagram of a red and green cone Description automatically generated

為了提高疫苗的效力(efficacy),通常會(huì)將免疫刺激分子或 "激動(dòng)劑(agonists) "與疫苗的靶標(biāo)或原一加入疫苗制劑中。Edwards 等人的研究表明,雙鏈 polyIC RNA 和單鏈 CpG DNA 核苷酸可作為微陣列中的激動(dòng)劑(agonists)。并且,研究者們認(rèn)為帶負(fù)電荷的核酸激動(dòng)劑(agonists)和帶正電荷的抗原之間的靜電相互作用,幫助了微陣列的組裝。通過(guò)使用 Label IT? Cy?3 Cy?5 ,分別針對(duì)以上兩種核酸類型進(jìn)行熒光標(biāo)記,方便用于查看標(biāo)記核酸在微上的分布,這樣就允許了研究者們按照所需要的特定比例,將兩種激動(dòng)劑均一的加入到微陣中,從而使得精確的調(diào)整微針陣列 MNA 疫苗的免疫反應(yīng)成為可能。

發(fā)表文章信息:

標(biāo)題:?Tuning innate immune function using microneedles containing multiple classes of toll-like receptor agonists
作者:?Camilla Edwards, Robert Oakes?et al.
雜志:?Nanoscale,?Volume 15, Apr 2023.
DOI:?10.1039/D3NR00333G

  • Label IT? 核酸標(biāo)記試劑盒-產(chǎn)品選擇

Label?IT?試劑盒有以下四種形式可供選擇,以應(yīng)對(duì)研究人員核酸標(biāo)記實(shí)驗(yàn)的不同應(yīng)用場(chǎng)景需求

  • Label?IT??Nucleic Acid Labeling Kits
  • Label?IT?Tracker? Intracellular Nucleic Acid Localization Kits
  • Label?IT??siRNA Tracker? Intracellular Localization Kits
  • Label?IT??Nucleic Acid Modifying Kits

下表總結(jié)了不同種類Label?IT?試劑盒區(qū)別

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Label?IT? Nucleic Acid Labeling

Label?IT? Tracker?

Label?IT? siRNA Tracker?

Label?IT? Nucleic Acid Labeling Modifying

應(yīng)用

in vitro?&?in vivo應(yīng)用的多種類型核酸標(biāo)記

in vitro?&?in vivo質(zhì)粒追蹤實(shí)驗(yàn)

in vitro?&?in vivo siRNA追蹤實(shí)驗(yàn)

DNA氨基修飾

試劑盒組分

Label IT? Reagent Reconstitution Solution

10X Labeling Buffer

Reagent D1& Buffer N1

G50 Microspin Columns

Label IT? Reagent Reconstitution Solution

10X Labeling Buffer

Label IT? Reagent Reconstitution Solution

10X Labeling Buffer

siRNA Dilution Buffer

Label IT? Reagent Reconstitution Solution

10X Labeling Buffer

Reagent D1& Buffer N1

G50 Microspin Columns

Label?IT? : 核酸比例

1 μl? : 1 μg

0.5 μl? : 1 μg

1 μl? : 1 μg

0.5 μl? : 1 μg

標(biāo)記密度

20-60 bp 1個(gè)標(biāo)記

60-140 bp 1個(gè)標(biāo)記

15-40 bp 1個(gè)標(biāo)記

20-60 bp 1個(gè)標(biāo)記

標(biāo)記物類型

Cy?3

Cy?5

熒光素

CX-羅丹明

TM-羅丹明

生物素

MFP488

地高辛

DNP

Cy?3

Cy?5

熒光素

CX-羅丹明

TM-羅丹明

生物素

Cy?3

Cy?5

熒光素

CX-羅丹明

TM-羅丹明

生物素

氨基

試劑盒規(guī)格

25 μl

100 μl

50 μl

50 μl

25 μl

100 μl

  • 更多有關(guān)產(chǎn)品常疑問(wèn)FAQ,請(qǐng)查看官網(wǎng)鏈接

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  • Label IT? 核酸標(biāo)記試劑盒-實(shí)驗(yàn)優(yōu)化之核酸標(biāo)記密度

理想的密度取決于被標(biāo)記的核酸類型及下游應(yīng)用。在需要直接追蹤核酸的實(shí)驗(yàn)中,更適合較高的核酸標(biāo)記密度;而在想要維持/完整的還原標(biāo)記核酸生物學(xué)功能的實(shí)驗(yàn)中,更加適合較低的標(biāo)記密度。使用 Label IT? 核酸標(biāo)記技術(shù),可以輕松調(diào)整到理想的標(biāo)記密度。

Label IT? 試劑與核酸的比例(v:w)的改變與標(biāo)記密度呈線性相關(guān)性(4)。例如,按照說(shuō)明的初次實(shí)驗(yàn)建議,需加入 5 μl Label IT? 試劑標(biāo)記 5 μg DNA,此時(shí)v:w比例為1:1。在保證孵育時(shí)間和 DNA 量不變的條件下,如將 Label IT? 試劑的量降低為 2.5 μl 或 增加到10 μl,標(biāo)記密度將分別降低一半或增加一倍。

實(shí)驗(yàn)Tips:使用過(guò)高的 Label IT? 試劑量(超過(guò)建議量的 4 倍),可能會(huì)導(dǎo)致核酸裂解或引起 Label IT? 熒光基團(tuán)淬滅。

核酸標(biāo)記密度與所使用的 Label IT? 試劑量及反應(yīng)的孵育時(shí)間呈正線性相關(guān)。可通過(guò)調(diào)整反應(yīng)中 Label IT? 試劑的用量或反應(yīng)的孵育時(shí)間 (孵育溫度仍為37),可輕松靈活的調(diào)整到所需要的理想標(biāo)記密度。

4. 核酸標(biāo)記密度與Label IT?試劑用量和反應(yīng)孵育時(shí)間成正比

實(shí)驗(yàn)Tips如何計(jì)算核酸標(biāo)記密度,詳細(xì)實(shí)驗(yàn)步驟及方法請(qǐng)見Calculate Nucleic Acid Labeling Density”

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Mirus Bio公司介紹

Mirus成立于1995年,始終秉承著為基因遞轉(zhuǎn)提供最佳方法及最高效的工具。憑借超過(guò) 25 年轉(zhuǎn)染領(lǐng)域的深根細(xì)作,獲得了多項(xiàng)技術(shù)突破,已成為核酸遞送領(lǐng)域的全球領(lǐng)導(dǎo)者和值得信賴的品牌。Mirus科學(xué)家團(tuán)隊(duì)不斷突破轉(zhuǎn)染技術(shù)的極限,推出了VirusGEN?轉(zhuǎn)染試劑與RevIT?增強(qiáng)劑,進(jìn)一步提升AAV/Lv產(chǎn)量,助力推動(dòng)生物治療藥物的降本增效,為CGT領(lǐng)域客戶賦能。

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北京西美杰科技有限公司是Mirus中國(guó)區(qū)代理,始終秉承著專業(yè)、嚴(yán)謹(jǐn)?shù)膽B(tài)度為客戶提供優(yōu)質(zhì)的產(chǎn)品與服務(wù)Mirus熱銷轉(zhuǎn)染產(chǎn)品常備現(xiàn)貨。如果您對(duì)上述產(chǎn)品感興趣,歡迎致電北京西美杰客服熱線400-050-4006或登錄網(wǎng)站www.fjjywy.cn了解更多產(chǎn)品信息。

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